El Club Xeneize público "El delantero, categoría 2002, tuvo un paso extraordinario por las divisiones inferiores de Boca Juniors. Fue campeón y marcó un gol en la final ante Palmeiras de la Dani Cup 2017, disputada en Brasil. También convirtió en el duelo decisivo frente a Independiente para que la Séptima conquistara el título en 2018. En total, durante su etapa en Juveniles, marcó 45 goles.
Su debut en Reserva llegó a principios de 2020. En esa categoría convirtió 16 goles y fue campeón en 2021, aportando ocho tantos durante el torneo. Como jugador de Boca representó en múltiples oportunidades a la Selección Argentina, consagrándose campeón de los Sudamericanos Sub-15 —con gol en la final— y Sub-17. Además, fue convocado por Lionel Scaloni a la Selección Mayor.
Zeballos fue el primer juvenil que debutó en Primera División durante esta gestión y deja el club tras disputar 140 partidos, convertir 16 goles y conquistar cuatro títulos: Copa Maradona 2020, Copa Argentina 2021, Copa de la Liga 2022 y Liga 2022.
La Institución le desea muchos éxitos a Exequiel en sus próximos desafíos.